马克思主义学院原为第四军医大学吉林军医学院政教室，1975年空军军医学校组建时设立。2004年8月学校从军队移交地方后成立人文社科部，2011年更名为人文社会科学学院，2015年更名为马克思主义学院。学院承担全校思想政治理论课程教学任务，下设综合办公室、医学人文素质教育研究中心（智库）和六个教研室。现有专任教师31人，其中博士5人、硕士研究生导师2人，省教育厅新世纪人文社科优秀人才1人，吉林省优秀教师1人。学院现为吉林省科学社会主义学会会长单位，吉林市模范集体。学院党总支获评吉林省先进基层党组织、吉林省党建工作标杆院系，学院第一党支部、第二党支部均为全省党建工作样板支部。

学院秉承“以教学为中心”的理念，持续加强课程建设。《毛泽东思想和中国特色社会主义理论概论》获批国家级线下一流本科课程、《思想政治理论社会实践》获批国家级一流本科课程、《思想道德修养与法律基础》获批省级线上精品课程，建有省级精品课2门、省级优秀课3门，获批省级优秀教学团队1个、姜淑兰教授名师工作室1个。

学院积极推进学科建设，构建科研平台。马克思主义理论学科是吉林医药学院重点培育学科，学院积极依托马克思主义理论学科建设中央与地方共建高校优势特色项目“医德教育研究与实践基地”、吉林省特色新型高校智库，学科带头人为马克思主义学院院长张丽红教授。